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| 1987年 | 4月1日 | 日本貨物鉄道㈱発足 | ||
| 9月 | JRエフツーリスト営業開始 | |||
| 10月 | 北海道 | 30フィートコンテナ輸送東京－北海道間に登場 | ||
| 1988年 | 1月 | 高速コンテナ貨車コキ100形式を開発 | ||
| 9月 | 北海道 | クールコンテナ輸送東京－北海道間で開始 | ||
| 10月1日 | 北海道 | 札幌－福岡間直通日本海縦貫ライナー列車運転開始 | ||
| 1989年 | 2月 | 新EF66形式直流電気機関車登場 | ||
| 4月21日 | 東京都 | ★ＪＲ貨物大井機関区総合事務所火災（品川区） | 朝日890422 | |
| 1991年 | 10月 | 自動車専用輸送用コンテナ「カーパック」関東－九州間で開始 | ||
| 1992年 | 4月 | 北海道 | エフ・プラザ札幌完成 | |
| 7月1日 | 東京都 | エフ・プラザ東京B棟営業開始（東京貨物ターミナル駅） | ||
| 12月1日 | 東京都 | エフ・プラザ東京A棟営業開始（東京貨物ターミナル駅） | ||
| 12月 | ｢ＪＲ貨物5年の歩み｣刊行 | |||
| 1993年 | 2月 | 東京都 | エフ・プラザ隅田川完成 | |
| 3月 |
DF200形式電気式ディーゼル機関車営業運転開始
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| ｢タキ1000形高速ガソリンタンク車｣登場 | ||||
| 1994年 | 1月3日 | 新コンテナ貨物情報システム｢ＦＲＥＮＳ｣稼動 | ||
| 3月22日 | 兵庫県 | 姫路貨物駅移転開業式 | 朝日兵庫版940323 | |
| 1995年 | 7月6日 | 京都府 | エフ・プラザ梅小路営業開始（梅小路駅構内） | |
| 7月15日 | 愛知県 | 名古屋港商業施設「シートレインランド」開業（名古屋港駅跡地） | 日経名古屋950531 | |
| 10月2日 | 神奈川県 | 川崎市の生活廃棄物輸送開始（梶ヶ谷貨物ターミナル－末広町間） | ||
| 1996年 |
10月30 日 |
神奈川 県 |
エフ・プラザ梶ヶ谷完成（梶ヶ谷貨物ターミナル駅構内） | |
| 1997年 | 3月21日 | 千葉県 | ▲佐倉機関区廃止（103年の歴史に幕） | |
| 3月22日 | 東京都 | ▲新宿－飯田町間の定期貨物列車廃止 | ||
| 3月 | 東京都 | エフ・プラザ東京C棟完成（東京貨物ターミナル駅） | ||
| 8月12日 | 静岡県 | ★東海道線沼津－片浜間で停車していた貨物列車に普通電車が衝突 | ||
| 12月 | EF210形式直流電気機関車営業運転開始 | |||
| 1998年 | 2月1日 | 東京都 | ホテルメッツ田端オープン（98室、JR貨物田端操車場跡）＜ジェイアールエフ・ホテル＞ | |
| 3月2日 | 東京都 | エフ・プラザ東京H・Ｉ棟営業開始 | ||
| 4月1日 | 福岡県 | ▲博多臨港線福岡貨物ターミナル－博多港間廃止 | ||
| 8月13日 | ▲青梅線・南武線での石灰石輸送終了（104年の歴史に幕） | |||
| 11月6日 | 徳島県 | 複合ビル「フレシアとくしま」開業 | ||
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12月14 日 |
東京都 | エフ・プラザ東京J棟営業開始（東京貨物ターミナル駅） | ||
| 12月 | 三重県 | 四日市港の可動橋「末広橋梁」重要文化財指定 | ||
| 1999年 | 4月 | スワップボディ輸送出発式 | ||
| 5月 | 新本社ビル完成 | |||
| 10月1日 | 東京都 | エフ・プラザ東京D棟営業開始（東京貨物ターミナル駅） | ||
| 2000年 | 3月11日 | 大阪府 | 高速コンテナ列車東京貨物ターミナル－梅田間を6時間38分で営業運転開始 | |
| 8月16日 | 香川県 | 高松貨物ターミナル駅開業 | ||
| 2001年 | 12月 | 福岡県 | 福岡市長浜の温浴施設｢天神ゆの華｣オープン（スーパー銭湯） | |
| 2002年 | 3月23日 | 福岡県 | 北九州貨物ターミナル駅開業（旧JR貨物門司駅） | 鉄道ジャーナル0206 |
| 4月1日 | 北海道 | ▲石北線、釧網本線などで貨物輸送廃止 | 鉄道ジャーナル0205 | |
| 4月1日 | 北海道 | ▲函館本線函館－五稜郭間貨物輸送廃止 | 鉄道ジャーナル0206 | |
| 12月1日 | 富山県 | 新湊線高岡貨物駅移転開業 | 鉄道ジャーナル0304 | |
| 2003年 | 2月5日 | 東京都 | 飯田町貨物駅跡地の超高層オフィスビル「ガーデン エアタワー」、賃貸商業施設「アイ ガーデン テラス」竣工式 | |
| 2月13日 | 熊本県 | ＪＲ貨物が肥薩おれんじ鉄道に出資することを決定 | 鉄道ジャーナル0305 | |
| 2月15日 | 東京都 | ガーデンエアタワー完成（地下2階35階152ｍ、旧飯田町貨物駅跡地） | ||
| 3月27日 | 東京都 | 飯田町アイ ガーデンエア完成（旧飯田町貨物駅跡地）＜三井不動産＞ | ||
| 6月12日 | 石川県 | 金沢貨物ターミナル駅開業 | ||
| 7月1日 | 東京都 | エフ・プラザ東京Ｆ棟開業（東京貨物ターミナル駅） | ||
| 12月1日 | 兵庫県 | ▲神戸臨港線廃止（東海道本線支線東灘信号場－神戸港間、96年の歴史に幕） | 日経兵庫版031129 | |
| 12月1日 | 兵庫県 | 神戸貨物ターミナル駅開業（旧JR貨物鷹取駅） | ||
| 2004年 | 3月13日 |
Ｍ２５０系特急コンテナ電車「スーパーレールカーゴ」 営業運転開始
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鉄道ジャーナル0405、鉄道ファン0308 | |
| 3月13日 | 鹿児島県 | 鹿児島貨物ターミナル駅開業 | 鉄道ジャーナル0406 | |
| 2006年 | 3月18日 | スーパーグリーン・シャトル列車の営業運転開始 | ||
| 11月15日 | トヨタ自動車の部品輸送専用列車の営業運転開始 | |||
| 2007年 | 6月 | ｢貨物鉄道百三十年史｣刊行 | ||
| 8月8日 | 静岡県 | ★JR貨物の運転士が島田市内の東海道線で居眠り運転、500ｍ列車逆走 | 朝日名古屋070822 | |
| 8月31日 | 愛知県 | ▲名古屋港シートレインランド閉館、遊園地のみ営業継続 | ||
| 2008年 | 4月 | ＰＬＡＮＥＴＳ（運転支援システム）使用開始 | ||
| 2009年 | 3月31日 | 福井県 | ▲敦賀港線最終運行（127年の歴史に幕） | 読売福井版090401 |
| 2010年 | 6月4日 | 東京都 | アリオ北砂オープン（江東区旧小名木川貨物駅跡地） | |
| 2011年 | 2月14日 | 東京都 | サウスゲート新宿へ本社を移転（渋谷区千駄ヶ谷） | |
| 3月10日 | 千葉県 | ★成田線で貨物列車が脱線 | 朝日110310 | |
| 7月11日 | HD300形ハイブリッド入換機関車が東京貨物ターミナル駅で運用開始（東芝製） | |||
| 10月 | 東京都 | ▲八王子機関庫解体開始 | ||
| 2012年 | 2月16日 | 北海道 | ★石勝線東追分駅構内で貨物列車が脱線、雪除けシェルターを突き破る | 読売120217 |
| 11月27日 | 2015年度開業の北海道新幹線と走行区間を共用する新型電気機関車を公開 | |||
| 2013年 | 3月16日 | 三重県 | ▲紀勢線定期貨物列車廃止（稲沢－鵜殿間） | |
| 3月16日 | 大阪府 | 吹田貨物ターミナル駅開業 | ||
| 3月31日 | 大阪府 | ▲梅田駅廃止 | ||
| 2014年 | 2月5日 | 福井県 | ▲ＪＲ貨物が旧敦賀港駅ランプ小屋を敦賀市に寄付 | |
| 5月29日 | 北海道 | ▲本輪西－札幌貨物ターミナル間石油輸送終了 | 日経北海道版140530 | |
| 8月29日 | 北海道 | ▲鷲別機関区廃止（登別市、72年の歴史に幕） | ||
| 12月14日 | イオン専用列車「イオン号」運行開始（東京－大阪間） | 日経141215 | ||
| 2015年 | 2月18日 | 北海道 | ★札幌貨物ターミナル駅構内で停車中の業務用機関車と釧路貨物駅発札幌貨物ターミナル駅行貨物列車（16両編成）が衝突事故、貨物列車２４本運休 | |
| 4月10日 | ★JR貨物幹部社員をJR会社法の収賄容疑で逮捕 | 日経150411 | ||
| 9月16日 | インド | インドで貨物鉄道の運営管理の支援事業を受託 | 日経150917 | |
| 10月12日 | 東京都 | ★埼京線池袋駅でJR貨物の貨物列車がパンタグラフ破損のため立ち往生、埼京線と湘南新宿ラインが最長7時間運転見合わせ | 日経151016 | |
| 2016年 | 3月16日 | 日本フレートライナーとジェイアール貨物・インターナショナルが合併 | ||
| 2017年 | 1月19日 | 石川県 | アサヒビールとキリンビールがビール系飲料の共同鉄道輸送開始（吹田－金沢間） | 日経170120・170216 |
| 2018年 | 6月16日 | 千葉県 | ★京葉臨海鉄道蘇我駅構内で貨物列車が脱線 | 日経180617 |
| 8月28日 | 西日本豪雨で不通の山陽線の代替ルートとして山陰線を使った迂回輸送開始 | 日経180830 | ||
| 10月13日 | 山陽線貨物列車が約3ヶ月ぶりに運転再開 | 日経181014 | ||
| 11月29日 | 東京都 | 八王子オーパオープン＜所有：ＪＲ貨物、住友不動産＞ | ||
| 2019年 | 4月1日 | 福井県 | ▲休止中の敦賀港線廃止（敦賀－敦賀港間） | |
| 6月1日 | 大阪府 | ★JR西九条駅を通過した貨物列車の荷台に乗っている人を発見、英国籍男性を保護 | ||
| 2020年 | 2月 | 東京都 | 東京貨物ターミナル駅構内物流施設「東京レールゲートウエスト」完成＜ＪＲ貨物、三井不動産＞ | 日経140726、日経161222広告、日刊工業180828 |
| 2021年 | 3月26日 | 西濃運輸、名古屋－福岡間貨物列車「カンガルーライナーNF64」出発式（→3月29日利用開始） | ||
| 12月28日 | 山口県 | ★JR山陽線八本松－瀬野間で貨物列車脱線 | ||
| 2022年 | 2月8日 | 滋賀県 | ★米原貨物ターミナル駅の整備を中止することを明らかにする | |
| 5月 | 北海道 | マルチテナント型物流施設「DPL札幌レールゲート」竣工＜JR貨物、大和ハウス工業＞ | ||
| 6月 | 福岡県 | ▲スポーツクラブNAS北天神閉店 | ||
| 8月 | 福岡県 | ▲釣船茶屋ざうお天神店閉店 | ||
| 8月 | 東京都 | 東京貨物ターミナル駅構内物流施設「東京レールゲートイースト」完成＜ＪＲ貨物、三井不動産＞ | 日経140726、日経161222広告 | |
| 10月 | 福岡県 | ▲天神ゆの華閉店 | ||
| 2023年 | 3月 | 九州エリアでEF510形交直流電気機関車「ECO-POWERレッドサンダー」運行開始 | ||
| 2024年 | 1月26日 | 香川県、愛媛県 | 「THE ROYAL EXPRESS」を四国・瀬戸内エリアで運行（～3月）＜東急、JR四国、JR西日本、JR貨物＞ | 読売230328 |
| 4月1日 | 愛知県 | ▲名古屋港線廃止（東海道線山王信号場－名古屋港間） | ||
| 6月5日 | 「扇望丸」進水式（499総トン、8月就航（＜センコーホールディングス、JR貨物＞ | |||
| 7月24日 | 山口県 | ★山陽線新山口駅構内で東京行貨物列車の機関車が脱線 | ||
| 9月10日 | ★JR貨物が車輪取付で不正があったと発表、564両使用停止 | 読売240911、日経240914 | ||
| 2025年度 | 神奈川県 | 東高島駅北地区C地区棟完成＜JR貨物、三井不動産レジデンシャル＞ |
＜不明＞
米原貨物ターミナル駅開業